Nach seinem Karriereende wurde Schröder mit Beginn der Saison 2010/11 Videoanalyst und Scout beim Bundesligisten 1. FC Nürnberg. Zum 25. Juni 2012 wurde er Koordinator der Lizenzmannschaft der SpVgg Greuther Fürth. Am 4. Januar 2013 wurde er zum sportlichen Leiter von Greuther Fürth befördert. Am Ende der Spielzeit 2013/14 verließ Schröder die SpVgg Greuther Fürth und wechselte zum SV Werder Bremen als Direktor Profi-Fußball und Scouting.
Ab dem 17. Mai 2016 war er Sportdirektor beim 1. FSV Mainz 05. Zur Saison 2021/22 wurde Schröder unter dem Sportvorstand Peter Knäbel Sportdirektor beim FC Schalke 04. Am Saisonende stieg die Mannschaft wieder in die Bundesliga auf. Am 26. Oktober 2022 verließ Schröder den Verein aus persönlichen Gründen. Am 1. April 2023 wurde Schröder unter dem Geschäftsführer Sport Max Eberl Sportdirektor des Bundesligisten RB Leipzig. Er betreute die Bereiche Scouting und Kaderplanung sowie die Prozesse rund um die Lizenzspielerabteilung. Ende September 2023 wurde Eberl freigestellt, womit Schröder – weiter auf Direktorenebene – die Gesamtverantwortung interimsweise übernahm.
Am 1. Dezember 2024 wechselte Schröder als Geschäftsführer Sport zum österreichischen Erstligisten RB Salzburg. Jetzt bahnt sich der berufliche Aufstieg an: Rouven Schröder steigt bei Borussia Mönchengladbach ein und wird Sportchef (Head of Sports)
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